Selain itu, Hamzah sempat menjadi Menteri Negara Investasi/Kepala Badan Koordinasi Penanaman Modal (BKPM) di kabinet Presiden B.J. Habibie pada 1998.
Selang setahun kemudian, ia diangkat menjadi Menteri Koordinator Bidang Kesejahteraan Rakyat dan Pengentasan Kemiskinan.
Baca Juga: Firman Subagyo: Golkar Usulkan Usia Presiden dan Wakil Presiden dalam RUU Kementerian Negara
Tanggal 29 Oktober 1999 diangkat menjadi Menteri Koordinator Bidang Kesejahteraan Rakyat dan Pengentasan Kemiskinan (Menko Kesra dan Taskin).
Kemudian pada tanggal 26 Juli 2001, Hamzah terpilih menjadi Wakil Presiden Indonesia yang ke sembilan.***